Сергей Алексеевич активно и плодотворно работает не только в практическом здравоохранении, но и занимается научной и общественной деятельностью. Систематизация и обобщение знаний, опыта, результатов его деятельности нашли свое отражение в более чем 360 научных работах, в том числе монографиях, журнальных публикациях, докладах и выступлениях на Всероссийских и Международных симпозиумах и конференциях. В 2018 году под редакцией профессора Сергея Ковалёва впервые в России была выпущена уникальная монография «Энциклопедия воронежских имён – сердечно-сосудистая хирургия», обобщившая работу кардиохирургических школ Воронежской области за последние 60 лет. С 2001 года преподаёт в Воронежском государственном медицинском университете имени Н.Н. Бурденко. Под его руководством было защищено пять кандидатских и две докторские диссертации.
Глава Воронежа Сергей Петрин направил Сергею Ковалеву поздравления.
«О Ваших заслугах в развитии здравоохранения и нашего города говорят не только его многочисленные награды и звания. Со всей самоотдачей Вы заботитесь о здоровье сердец воронежцев как врач, и об их интересах как депутат городской Думы, тем самым завоевав любовь, уважение и благодарность в сердцах своих многочисленных пациентов, коллег, студентов, научного сообщества, жителей нашего города.
Уважаемый Сергей Алексеевич! Присоединяюсь ко всем поздравлениям, которые звучат сегодня в Ваш адрес. Доброго здоровья, личного счастья и неиссякаемой энергии, дальнейших профессиональных достижений в области здравоохранения!»